La modifica sostanziale (art. 5, D.P.R. 59/2013) comporta l’avvio di un nuovo procedimento di rilascio dell’AUA, con le stesse modalità della domanda iniziale, da presentare al SUAP. Il D.P.R. 59/2013 non fornisce una definizione unitaria di modifica sostanziale applicabile a tutti i titoli: l’art. 6, comma 4, consente alle Regioni di definire ulteriori criteri di qualificazione, in assenza dei quali occorre fare riferimento alle definizioni previste dalle discipline settoriali di ciascun titolo coinvolto (scarichi, emissioni, rifiuti, ecc.) e, in via residuale, a criteri generali (rilevanza degli effetti ambientali dell’intervento).